Continuando el análisis del informe de rentas 1889 pasamos a estudiar la ejecución presupuestaria. Había seis departamentos (o ministerios) en los que se concentraba la ejecución. Estos incluían Gobernación, Relaciones Exteriores, Instrucción Pública y Justicia, Hacienda, Crédito Público, Fomento, y Guerra. Para cada uno de ellos, su ejecución presupuestaria difiere de la aprobada en formas significativas, sumado una ejecución total de $2,142,000 (cifras en pesos plata $).

El mayor ítem de erogación es el crédito público (38% del total), sumando $815,000, la mayoría como una ampliación. De este monto $186,000 corresponde a intereses y descuentos de deuda, por lo que la tasa efectiva pagada por la deuda es de aproximadamente 12%. Esto es bastante alto considerando la ausencia de inflación, y refleja condiciones de escasez de capital. El hecho de que no esté presupuestado correctamente indica dificultades producto de la ausencia de banca pública o privada (el primer banco de Honduras se fundó hasta este año).